Apesar de Marco Aurélio ser considerado um dos imperadores mais benevolentes anteriores a Constantino, os cristãos continuaram a ser perseguidos durante o seu reinado. Justino Mártir, por exemplo, foi decapitado no co-reinado de Marco Aurélio e Lúcio Vero, de acordo com os textos de Eusébio.
No entanto, não é claro até que ponto Marco Aurélio se envolveu pessoalmente nas perseguições. Sabemos que Marco Aurélio era visto de forma positiva pela igreja nos seus dias: Tertuliano elogia o imperador no seu Apologético, a quem ele chama de “protetor” e “mecenas” da igreja, salientando a forma como ele intercedeu em favor dos cristãos. Outros testemunhos igualmente positivos são a correspondência do próprio Marco Aurélio, onde ele retrata o milagre da Legião XII Fulminata, e a suposta presença de Apolónio o Apologista no senado romano enquanto Marco Aurélio fora imperador. Apolónio foi julgado e executado por ser cristão no reinado de Cómodo, filho de Marco Aurélio, considerado por muitos um sucessor incapaz de honra o legado do seu pai.
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Apesar de tudo, Marco Aurélio era contra a postura cristã em relação a certos aspetos. Nas suas Meditações, o imperador critica a forma fanática como os cristãos abraçavam a morte em defesa da fé, o que ia deliberadamente contra a sua filosofia racionalista. A sua reflexão constante no cumprimento da lei e no valor do bem comum sobre o individual também podia ter em conta a igreja, que naquela época era uma minoria conhecida pela sua recusa em prestar tributo aos deuses romanos e que dessa forma desafiava a lei de Roma, e por conseguinte, o poder do imperador.
